Ulica Prote Bakovića nalazi se zapadno od ulice Baščaršija (Baščaršijskog trga) i vodi pravcem sjever – jug, od ulice Mula Mustafe Bašeskije do Sarača, dodirujući se koji metar prije svog južnog kraja sa ulicom Ćulhan.

Za vrijeme osmanske vlasti to je bila čikma (slijepa ulica) u sastavu Varoši (danas Mula Mustafe Bašeskije), bez izlaza prema Saračima.

Status samostalne ulice dobila je 1900. godine, kada je nazvana Protina ulica, ali je 1901. godine ponovo uključena u današnju ulicu Mula Mustafe Bašeskije, tada Ćemalušu. Izlaz prema Saračima dobila je 1913. godine.

Nakon Prvog svjetskog rata ponovo je postala zasebna ulica i vraćeno joj je ime Protina, a 1931. je dobila potpuniji naziv Prote Bakovića, koji joj je ostao sve do danas.

Ova saobraćajnica ime nosi u uspomenu na Stevana Bakovića, koji je bio pravoslavni paroh i prota (sveštenik, starješina srpske crkvene opštine) i koji je upravo u toj ulici stanovao.

U Sarajevu je prota Stevan Baković službovao od 1818. godine pa sve do smrti, 1893. godine, a tokom službe u gradu na Milijacki stekao je veliki ugled među Sarajlijama svih vjera.