U ovom Muzeju se za kratko vrijeme može „prošetati“ kroz prošlost Bosne i Hercegovine od najstarijih vremena, pa do etnoloških zbirki čiji enterijer dočarava atmosferu tradicionalne gradske kuće u osmanskom periodu. 

Stalna postavka “Bosna i Hercegovina u srednjem vijeku” smještena je u tri dvorane, gdje su izloženi arheološki predmeti srednjovjekovne kulture u razdoblju od 6. do 15. vijeka. Među 11.500 inventarskih jedinica nalaze se i eksponati koji su krasili dvorove bosanske kraljevske dinastije Kotromanić.

Najvrijedniji eksponat u kolekciji Muzeja je čuvena Sarajevska Hagada, koju su sa sobom iz Španije u Sarajevo donijeli Jevreji Sefardi.

Tu je i bogata zbirka Odjeljenja za prirodne nauke koja obuhvata živi i neživi svijet, a u sklopu koje se, između ostalog, može vidjeti i skelet orla Bradana, ptice džinovskog raspona krila, koja je ne tako davno letjela nebom iznad BiH.

U botaničkom vrtu, koji se nalazi u centralnom dijelu kompleksa Muzeja, uzgaja se više od 3000 biljnih vrsta, među kojima su i neke endemske vrste. 

A, među biljkama se nalaze i neki od najreprezentativnijih primjeraka bosanskih stećaka.