U kolekciji Muzeja Gazi Husrev-begove biblioteke nalazi se više od 1200 eksponata, koji su podijeljeni u pet tematskih cjelina: Islamska umjetnost / Kaligrafija, obrazovanje, vjerski život, etnologija, biblioteka u ratu.

Islamska kaligrafija predstavlja zbirku radova bh. majstora kaligrafije, dok se u sklopu tematske cjeline Mjerenje vremena nalaze predmeti korišteni za izračunavanje tačnog vremena, među kojima su i dva ručno rađena globusa čuvenog sarajevskog muvekita (osoba zadužena za tačno izračunavanje namaskih vremena) Saliha Sidki-efendije Muvekkita.

U sklopu tematske cjeline Ulema predstavljeni su radovi (u rukopisu, ili štampani) čuvenih pripadnika bh. uleme (učenjaka), gdje se oni pojavljuju kao autori, prepisivači, ili komentatori djela.
Dio zbirke pod nazivom Džamija i tekija obuhvata predmete iz bh. džamija i tekija, poput levhi, lustera, rahli, tespiha, ručno tkanih ćilima i sedžada ...

U sklopu tematske cjeline Hadž izloženi su predmeti koje su bosanskohercegovačke hadžije donosile sa svojih hodočašća, dok se u dijelu muzejske postavke pod nazivom Svakodnevni život nalaze predmeti koje su Bošnjaci stoljećima koristili u svakodnevnom životu, poput odjeće i obuče, namještaja, posuđa, predmeta za održavanje higijene...