Gazi Husrev-begov hanikah prvi put se pominje u vakufnami Gazi Husrev-bega iz 1531., a pretpostavlja se kako je ovaj objekat, u kojem se izučavao tesavuf (islamski misticizam), izgrađen koju godinu ranije.

Hanikah je imao 14 soba, semāhanu (prostor za vjerske obrede), koja je zauzimala prostor tri sobe i trijem. Semāhana i pojedine sobe bile su zasvođene kupolama, što je stvaralo jedinstven prostorni dojam.

Objekat je izgorio u požaru 1756. godine, nakon čega je 1779. obnovljen. Ponovo je gorio 1832. godine, a tokom gradnje sjevernog krila Đulaginog dvora (današnje zgrade Gazi Husrev-begove medrese) hanikah je gotovo u potpunosti  bio uništen.

Po uzoru na prvobitnu građevinu, Gazi Husrev-begov hanikah je iznova sagrađen 2000. godine, kada je unutrašnje dvorište natkriveno pokretnim staklenim krovom, koji doprinosi posebnom ugođaju koji danas daje prostor hanikaha.

Danas se hanikah koristi za potrebe Gazi Husrev-begove medrese, te za promocije i izložbe. Godišnje se unutar specifičnog izložbenog prostora Gazi Husrev-begovog hanikaha realizuje pet do šest izložbi.