Džamiju je prije 1562. godine sagradio Čoban Hasan Vojvoda, koji je u blizini 1557. godine podigao prvu drvenu ćupriju, a po kojem danas naziv nose most, ulica, džamija, ali i cijelo naselje na lijevoj obali Miljacke.
Džamija Čobanija je prostrana džamija sa kamenim minaretom u čiji je zid uzidana kamena ploča na kojoj je na turskom jeziku uklesana pjesma - natpis o njenoj obnovi.
Uz džamiju koju je 1874/75. iz temelja obnovio Fadil-paša Šerifović, nalazi se groblje, manje u odnosu na prvobitno, a smatra se da nišan kod minareta, osmougaone osnove, ograđen santračem i bez natpisa, označava grob dobrotvora Čoban-Hasana.
