Bakr-babina džamija nalazi se pokraj arheološkog parka At Mejdan u Starom Gradu, na lijevoj obali rijeke Miljacke, nešto malo istočnije od Čumurija mosta.  

Prvobitna džamija na tom mjestu izgrađena je kao vakuf uglednog sarajevskog trgovca hadži Alije Bakr-babe još 1544. godine, pa je po njemu džamija i dobila ime - Bakr-babina.

Ta građevina, uz koju je bio podignut i mekteb, bila je u to doba jedna od najljepših i najvećih sarajevskih džamija, sa munarom visokom oko 30 metara.

Kada je Eugen Savojski u oktobru 1697. poharao i popalio Sarajevo džamiju je progutao požar.

Na istom mjestu je oko 1700. godine sagrađena nova džamija, koja je kasnije i sama gorjela, nakon čega su je obnovili stanovnici obližnje mahale. 

Sa istočne strane džamijskog harema (dvorišta sa grobljem) hadži Ismail Misrija je 1741. ili 1742. sagradio medresu, a nedugo potom je preko puta Abdulah - efendija Kantamirija podigao biblioteku, pa je krajem 18. stoljeća prostor oko džamije postao značajan obrazovni i kulturni centar.

Početkom 19. stoljeća taj prostor gubi na značaju, a dolazak austro-ugarskih vlasti Bakr-babina džamija i objekti koji su uz nju stajali dočekali su u ruševnom i zapuštenom stanju.

Neposredno nakon austro-ugarske okupacije Bakr-babina džamija pretvorena je u vojno skladište, a 1895. je porušena skupa sa zgradom mekteba. Mjesto na kojem se nalazila poravnano je sa zemljom i pretvoreno u dio parka At Mejdan.

Tek sredinom 2000-tih godina, na inicijativu uglednog islamskog učenjaka hadži hafiza Halida ef. Hadžimulića, krenulo se sa otkopavanjem arheoloških ostataka džamije i pratećih objekata.

Na iskopanim temeljima Bakr-babine džamije je zatim, po projektu arhitekte Mufida Garibije, podignuta manja i u modernom duhu dizajnirana džamija, koja je svečano otvorena 27. juna 2011. godine.

U unutrašnjosti Bakr-babine džamije postavljena je najduža levha klesana u kamenu u Evropi, duga 45 metara i sastavljena od kamenih ploča teških po 50 kilograma, a na kojima su ispisani dijelovi Nur dove.

I izradu ove levhe inicirao je Halid ef. Hadžimulić, čije je posljednje počivalište ispod turbeta koje se nalazi nedaleko od ulaza u Bakr-babinu džamiju.