Smatra se da je u srednjem vijeku na mjestu današnje Baščaršije postojalo naselje Stara varoš, u kojem se nalazilo manje trgovište. Isa-beg Ishaković je oko 1460. godine postavio temelje Sarajevu, kada to trgovište na desnoj obali Miljacke prerasta u čaršiju.

Ime Baščaršija (turski baş - "vrh" ili "glavni" + çar şu - „raskrsnica četiri puta“, „trgovište“) prvobitno se odnosilo isključivo na glavni pijačni trg (uži prostor današnjeg Baščaršijskog trga), a s vremenom je to postao naziv za cjelokupnu Staru sarajevsku čaršiju.

Isa-beg je na čaršiji podigao prvi han i dućane, dok je najveći vakif i dobročinitelj Sarajeva Gazi Husrev-beg od 1521. do 1541. na tom prostoru sagradio brojne znamenitosti, poput Begove džamije, medrese, biblioteke, hanikaha, hamama, bezistana, Tašlihana, imareta, više od 200 dućana...

Uporedo sa izgradnjom infrastrukture dolazi i do razvoja zanatstva. Na prostoru Stare čaršije krajem 16. i početkom 17. vijeka bilo je organizovano 46 zasebnih čaršija, koje su nosile imena po esnafima (zanatskim cehovima) koji su u njima djelovali. Neka od tih imena su do dana današnjeg zadržale pojedine baščaršijske ulice.

U svoje najsjajnije doba Baščaršija je bila ekonomsko jezgro Sarajeva, ali i najveći trgovački centar središnjeg Balkana. Na njoj se tada nalazilo oko 12.000 dućana, a djelovale su i trgovačke kolonije Firentinaca, Mlečana, Dubrovčana...

Zlatno doba Baščaršije naprasno je prekinuto kada je u oktobru 1697. vojska habsburškog princa Eugena Savojskog provalila sve do Sarajeva, te spalila veći dio grada.

Čaršija je potom obnovljena, ali je ponovo stradala u požaru 1857. godine, kada je i formirana današnja granica između tada znatno smanjene Baščaršije i ulice Ferhadija, to mjesto na kojem se dodiruju Istok i Zapad.

Od 1754. Baščaršijski trg krasi sebilj (javna česma u obliku kioska). Prvobitni, koji je izgorio stotinjak godina kasnije, dao je izgraditi Mehmed-paša Kukavica, a ovaj današnji izgrađen je 1913. godine, po nacrtu češkog arhitekte Aleksandra Witteka.

Već na odlasku Osmanskog carstva, a posebno sa dolaskom Austro-Ugarske vlasti i pojave znatno jeftinijih industrijskih proizvoda za zanatlije na Baščaršiji dolaze teška vremena.

Svoje najteže dane čaršija proživljava neposredno nakon Drugog svjetskog rata, kada je među komunističkim vlastima postojala ideja i da se ona u potpunosti poruši. Srećom, to se nije desilo, a u sklopu priprema za organizaciju Olimpijade 1984. godine Baščaršija je obnovljena i tada započinje njen drugi život.

Zubu vremena odoljeli su i neki od baščaršijskih tradicionalnih zanata, pa su danas upravo autentični proizvodi sarajevskih zanatlija najpopularniji suveniri koje posjetitelji ponesu sa sobom iz Sarajeva, a nadaleko je poznata i gastronomska ponuda Baščaršije.

Baščaršija, u čijim okvirima se nalaze Stara pravoslavna crkva, Gazi Husrev-begova džamija, medresa i biblioteka, Sahat kula, Stari jevrejski hram, Brusa i Gazi-Husrev begov bezistan, Vijećnica i brojne druge znamenitosti je spomenik pod zaštitom države, kulturno-historijsko središte Sarajeva i nezaobilazno mjesto za sve stanovnike i posjetitelje glavnog grada BiH.