Nakon završetka bečke Majstorske škole za arhitekturu kod arhitekte Petera Behrensa i rada na projektima gradskog aerodroma u Beču i Nadbiskupsko-dječačkog sjemeništa u Zagrebu, Neidhardt seli u Pariz i sa čuvenim La Corbusierom projektuje tržni centar na berlinskom Alexanderplatzu, te brojne projekte u Alžiru, Nemuru, Stockholmu...
Na poziv slovenačkog arhitekte Dušana Grabrijana 1937. godine dolazi u BiH, gdje izgradnjom radničkih kuća sa dva stana u rudarskim gradovima Srednje Bosne postavlja koncept nove stambene arhitekture, uz slogan “ništa mimo svijeta i po mjeri čovjeka”.
- Čovjek mora da izgara za nešto, a ako moram da izgaram, izgarat ću tamo gdje sam rođen i gdje živim. Ja sam strastveni arhitekta, koji stremi ka dobrom – govorio je Neidhardt.
Od 1952. do 1972. predaje na Tehničkom fakultetu, sa Grabrijanom izdaje knjigu Arhitektura Bosne i put u savremeno, učestvuje u pokretanju manifestacije Slovo Gorčina...
Kult komšiluka
Pri izgradnji dijelova Sarajeva nastoji u savremene arhitektonske trendove uklopiti tradicionalne etičke principe na kojima je grad zasnovan – pravo na vidik i kult komšiluka.
U urbanističkom rješenju jezgre Marijin Dvora i zgrade Skupštine SR BiH (1955. godine), Neidhardt projektuje naselje i kontrastnu cjelinu koju čine vertikalni neboder institucija BiH sa trgom i horizontalna zgrada skupštine „sa strukom Marilyn Monroe“.
Pri izvedbi Regulacionog plana sanacije, restauracije i revitalizacije Baščaršije (1972–1975) insistirao je da sve mahale od čaršije do Marijin Dvora zadrže izvorni oblik.
Viseći motel
Arhitektonske zamisli Juraja Neidhardta, dopisnog člana Kraljevske akademije britanskih arhitekata, člana SAJ-a, JAZU-a i ANUBiH-a, bile su daleko ispred njegovog vremena, o čemu svjedoče i nikad realizovani projekti visećeg motela nad Miljackom i turističkog naselja Vranjača na Trebeviću.
Rastom potreba se projekat Marijin Dvora razvijao pa Naidhardtova vizija nije u potpunosti ostvarena, a nije doživio ni kraj izgradnje današnje zgrade Parlamenta BiH (1982).
Preminuo je 1979. godine u Sarajevu kojem je u naslijeđe ostavio: spomenik ispred Vječne vatre, Muzej Gavrila Principa, Dom izviđača, Filozofski fakultet, Prirodno-matematički fakultet i Institut za hemiju i fiziku, Paviljon i ljetnu pozornica na Ilidži, stambene zgrade u Alipašinoj 11-17, skijašku kuću na Trebeviću...
Juraj Neidhardt je sahranjen na groblju Bare, a o njegovoj ideji „idealnog utopističkog grada”, sa zelenim površinama između nizova zgrada, i danas svjedoče naselja poput Dolac Malte, Hrasnog i Marijin Dvora.