Prvobitno je bio smješten u potkrovlju Vijećnice, da bi mu 1954. na korištenje bila data zgrada bivše Sudačko-šerijatske škole. Tu se uprava Muzeja nalazila sve do 1993. godine, kada je zgrada vraćena Islamskoj vjerskoj zajednici, za potrebe smještaja Fakulteta islamskih nauka.
Pet depadansa
Kao prvi depadans Muzeja je 1953. godine otvoren Muzej Mlada Bosna, u zgradi nekadašnje Šilerove radnje, ispred koje je izvršen atentat na austrougarskog prijestolonasljednika Franca Ferdinanda i njegovu suprugu Sofiju. Danas je u tom objektu (Zelenih beretki 1) smješten Muzej Sarajevo 1878-1918, čija je postavka proširena te pored Sarajevskog atentata prikazuje Sarajevo uoči austrougarske uprave, za vrijeme i po završetku nje.
Kako bi svjedočio o 500 godina prisustva Jevreja na ovim prostorima, 1966. godine je kao drugi depadans otvoren Muzej Jevreja BiH (Velika avlija bb). Smješten u Starom ili Velikom hramu (Il Kal Grandi), najstarijoj sinagogi u BiH, podignutoj krajem 16. stoljeća, Muzej i njegove zbirke pričaju o životu sarajevskih Jevreja, njihovom doprinosu razvoju Sarajeva i stradanju tog naroda u Drugom svjetskom ratu.
Muzejskoj porodici su 1960-ih godina priključena još dva depadansa - Svrzina i Despića kuća.
Svrzina kuća (Glođina 8) je jedan od najbolje očuvanih primjera stambene arhitekture iz osmanskog perioda (18. stoljeće) u BiH, iz vremena kada su se kuće dobrostojećih dijelile na javni dio (selamluk) i porodični dio (haremluk). Prvobitno je pripadala uglednoj porodici Glođo, da bi kasnije ženidbenim vezama pripala porodici Svrzo, čiji članovi su je prodali Muzeju grada Sarajeva.
U Despića kući (Despićeva 2) igrale su se prve pozorišne predstave u Sarajevu. Kuću, čiji je najstariji dio izgrađen još u 17. stoljeću, poklonio je gradu Pero Despić, kako bi se u njoj postavila izložba na temu stanovanja stare srpske porodice i očuvalo sjećanje na porodicu Despić.
70 godina Muzeja
Muzeju grada Sarajeva, koji je do tada već postao JU Muzej Sarajeva u nadležnosti Kantona Sarajevo, 2004. je pridodat i peti depadans - Brusa-bezistan (Abadžiluk 10), monumentalni objekat kojeg je u srcu Baščaršije 1551. podigao Rustem-paša, veliki vezir Sulejmana Veličanstvenog. U njemu su izloženi eksponati iz prahistorije, antike, srednjeg vijeka, osmanskog i austrougarskog perioda.
Uprava JU Muzej Sarajeva se od 2006. godine nalazi u Vili Koste Hermana (Josipa Štadlera 32), austrougarskog činovnika, koji je bio prvi direktor Zemaljskog muzeja BiH.
Muzej Sarajeva ove godine slavi 70 godina postojanja, a ovaj važan jubilej bit će obilježen internacionaliziranjem postavki i novim izložbama, podizanjem spomenika atentata na Latinskoj ćupriji, vraćanjem otisaka stopa Gavrila Principa ispred Muzeja Sarajevo 1878-1914...
